如果让瓜叶菊自然授粉，品种变异较大。为保证质量，通常需进行人工授粉，选择花色艳丽，生长健壮的植株进行定向培充，然后可以选用相同品种的花粉，也可用不同花色进行杂交。
在盛花期，用干净的毛笔蘸取花粉涂抹在事先选定的植株花序上方。可连续进行二三次，授粉时间应在晴天有阳光的上午。授粉后应注意三点。
一是把瓜叶菊放在阳光充足和通风良好的地方，中午室内温度高于15℃时应开窗通风;如至外温度不是太低，最好在中午提花放到室外阳几乎是处。
二是不能用喷壶浇水，更不能往花上喷水，以免授粉失败，不能结实。
三是授粉的植株要挂标签’以便仪化色分别叹藏种子。
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